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Research Article

Gene Expression Classification of Colon Cancer into Molecular Subtypes: Characterization, Validation, and Prognostic Value

  • Laetitia Marisa,

    Affiliation: “Cartes d'Identité des Tumeurs” Program, Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France

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  • Aurélien de Reyniès,

    Affiliation: “Cartes d'Identité des Tumeurs” Program, Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France

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  • Alex Duval,

    Affiliations: Unité Mixte de Recherche S938, Centre de Recherche Hôpital Saint-Antoine, INSERM, Paris, France, Université Pierre et Marie Curie–Paris 6, Paris, France

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  • Janick Selves,

    Affiliation: Unité Mixte de Recherche 1037, Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse, Université de Toulouse III, INSERM, Toulouse, France

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  • Marie Pierre Gaub,

    Affiliations: Unité de Recherche Physiopathologie et Médecine Translationnelle EA 4438, Université de Strasbourg, Strasbourg, France, Laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France

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  • Laure Vescovo,

    Affiliation: “Cartes d'Identité des Tumeurs” Program, Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France

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  • Marie-Christine Etienne-Grimaldi,

    Affiliation: Laboratoire d'Oncopharmacologie EA 3836, Centre Antoine Lacassagne, Nice, France

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  • Renaud Schiappa,

    Affiliation: “Cartes d'Identité des Tumeurs” Program, Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France

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  • Dominique Guenot,

    Affiliation: Unité de Recherche Physiopathologie et Médecine Translationnelle EA 4438, Université de Strasbourg, Strasbourg, France

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  • Mira Ayadi,

    Affiliation: “Cartes d'Identité des Tumeurs” Program, Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France

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  • Sylvain Kirzin,

    Affiliation: Unité Mixte de Recherche 1037, Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse, Université de Toulouse III, INSERM, Toulouse, France

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  • Maurice Chazal,

    Affiliation: Clinique Saint-George, Nice, France

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  • Jean-François Fléjou,

    Affiliations: Unité Mixte de Recherche S938, Centre de Recherche Hôpital Saint-Antoine, INSERM, Paris, France, Université Pierre et Marie Curie–Paris 6, Paris, France, Service d'Anatomie et Cytologie Pathologiques, Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France

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  • Daniel Benchimol,

    Affiliation: Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Nice, France

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  • Anne Berger,

    Affiliation: Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris, France

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  • Arnaud Lagarde,

    Affiliation: Unité Mixte de Recherche S910, Faculté de Médecine La Timone, INSERM, Marseille, France

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  • Erwan Pencreach,

    Affiliations: Unité de Recherche Physiopathologie et Médecine Translationnelle EA 4438, Université de Strasbourg, Strasbourg, France, Laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France, Centre de Ressources Biologiques, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France

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  • Françoise Piard,

    Affiliation: Service de Pathologie, Centre Hospitalier Universitaire, Dijon, France

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  • Dominique Elias,

    Affiliation: Institut Gustave Roussy, Villejuif, France

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  • Yann Parc,

    Affiliations: Université Pierre et Marie Curie–Paris 6, Paris, France, Service de Chirurgie Générale et Digestive, Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France

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  • Sylviane Olschwang,

    Affiliations: Unité Mixte de Recherche S910, Faculté de Médecine La Timone, INSERM, Marseille, France, Pôle DACCORD, Hôpital La Timone, Marseille, France, Département d'Oncologie, Hôpital Clairval, Marseille, France, Département de Gastroentérologie, Hôpital Ambroise Paré, Marseille, France

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  • Gérard Milano,

    Affiliation: Laboratoire d'Oncopharmacologie EA 3836, Centre Antoine Lacassagne, Nice, France

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  • Pierre Laurent-Puig mail,

    Pierre.laurent-puig@parisdescartes.fr

    Affiliation: Unité Mixte de Recherche S775, Paris Sorbonne Cité, Université Paris Descartes, INSERM, Paris, France

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  • Valérie Boige

    Affiliations: Institut Gustave Roussy, Villejuif, France, Unité Mixte de Recherche S775, Paris Sorbonne Cité, Université Paris Descartes, INSERM, Paris, France

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  • Published: May 21, 2013
  • DOI: 10.1371/journal.pmed.1001453
  • Featured in PLOS Collections

About the Authors

Laetitia Marisa, Aurélien de Reyniès, Laure Vescovo, Renaud Schiappa, Mira Ayadi
“Cartes d'Identité des Tumeurs” Program, Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France
Alex Duval, Jean-François Fléjou
Unité Mixte de Recherche S938, Centre de Recherche Hôpital Saint-Antoine, INSERM, Paris, France
Alex Duval, Jean-François Fléjou, Yann Parc
Université Pierre et Marie Curie–Paris 6, Paris, France
Janick Selves, Sylvain Kirzin
Unité Mixte de Recherche 1037, Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse, Université de Toulouse III, INSERM, Toulouse, France
Marie Pierre Gaub, Dominique Guenot, Erwan Pencreach
Unité de Recherche Physiopathologie et Médecine Translationnelle EA 4438, Université de Strasbourg, Strasbourg, France
Marie Pierre Gaub, Erwan Pencreach
Laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire, Hôpital de Hautepierre, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
Marie-Christine Etienne-Grimaldi, Gérard Milano
Laboratoire d'Oncopharmacologie EA 3836, Centre Antoine Lacassagne, Nice, France
Maurice Chazal
Clinique Saint-George, Nice, France
Jean-François Fléjou
Service d'Anatomie et Cytologie Pathologiques, Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France
Daniel Benchimol
Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Nice, France
Anne Berger
Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris, France
Arnaud Lagarde, Sylviane Olschwang
Unité Mixte de Recherche S910, Faculté de Médecine La Timone, INSERM, Marseille, France
Erwan Pencreach
Centre de Ressources Biologiques, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
Françoise Piard
Service de Pathologie, Centre Hospitalier Universitaire, Dijon, France
Dominique Elias, Valérie Boige
Institut Gustave Roussy, Villejuif, France
Yann Parc
Service de Chirurgie Générale et Digestive, Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France
Sylviane Olschwang
Pôle DACCORD, Hôpital La Timone, Marseille, France
Sylviane Olschwang
Département d'Oncologie, Hôpital Clairval, Marseille, France
Sylviane Olschwang
Département de Gastroentérologie, Hôpital Ambroise Paré, Marseille, France
Pierre Laurent-Puig, Valérie Boige
Unité Mixte de Recherche S775, Paris Sorbonne Cité, Université Paris Descartes, INSERM, Paris, France

Corresponding Author

Email: Pierre.laurent-puig@parisdescartes.fr

Competing Interests

YP gave expert advice to Coloplast (France) for less than 1,000 euros last year. The other authors declare that no competing interests exist.

Author Contributions

Conceived and designed the experiments: AD MPG JS SO GM PLP VB. Performed the experiments: MA AL EP. Analyzed the data: LM ADR LV RS VB PLP. Contributed reagents/materials/analysis tools: MC JFF DB AB FP DE YP EP AL LM ADR LV RS. Wrote the first draft of the manuscript: LM ADR VB PLP. Contributed to the writing of the manuscript: LM ADR VB PLP AD JS MPG GM DG MCEG SK SO. ICMJE criteria for authorship read and met: LM ADR AD JS MPG LV MCEG RS DG MA SK MC JFF DB AB AL EP FP DE YP SO GM PLP VB. Agree with manuscript results and conclusions: LM ADR AD JS MPG LV MCEG RS DG MA SK MC JFF DB AB AL EP FP DE YP SO GM PLP VB. Enrolled patients: AD MPG JS SO GM PLP VB.