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Research Article

Genome Microevolution of Chikungunya Viruses Causing the Indian Ocean Outbreak

  • Isabelle Schuffenecker mail,

    To whom correspondence should be addressed. E-mail: schuffenecker@cervi-lyon.inserm.fr (IS); E-mail: sbrisse@pasteur.fr (SB)

    Affiliation: Centre National de Référence des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon, France

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  • Isabelle Iteman,

    Affiliation: Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8), Institut Pasteur, Paris, France

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  • Alain Michault,

    Affiliation: Laboratoire de Microbiologie, Hôpital St Pierre, St Pierre, Ile de la Réunion, France

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  • Séverine Murri,

    Affiliation: Centre National de Référence des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon, France

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  • Lionel Frangeul,

    Affiliation: Plate-forme Intégration et Analyse Génomique, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Marie-Christine Vaney,

    Affiliations: Unité de Virologie Structurale, Institut Pasteur, Paris, France, Centre National de la Recherche Scientifique/Institut National de la Recherche Agronomique UMR 2472/1157, Paris, France

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  • Rachel Lavenir,

    Affiliation: Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8), Institut Pasteur, Paris, France

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  • Nathalie Pardigon,

    Affiliation: Unité des Interactions Moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Jean-Marc Reynes,

    Affiliation: Unité de Virologie, Institut Pasteur, Antananarivo, Madagascar

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  • François Pettinelli,

    Affiliation: Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier de Mayotte, Mamoudzou, Mayotte, France

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  • Leon Biscornet,

    Affiliation: Disease Surveillance and Sexually Transmitted Infections Unit, Seychelles Public Health Laboratory, Ministry of Health and Social Services, Victoria, Mahe, Seychelles

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  • Laure Diancourt,

    Affiliation: Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8), Institut Pasteur, Paris, France

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  • Stéphanie Michel,

    Affiliation: Centre National de Référence des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon, France

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  • Stéphane Duquerroy,

    Affiliations: Unité de Virologie Structurale, Institut Pasteur, Paris, France, Centre National de la Recherche Scientifique/Institut National de la Recherche Agronomique UMR 2472/1157, Paris, France, Université Paris, XI-Orsay, Paris, France

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  • Ghislaine Guigon,

    Affiliation: Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8), Institut Pasteur, Paris, France

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  • Marie-Pascale Frenkiel,

    Affiliation: Unité des Interactions Moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Anne-Claire Bréhin,

    Affiliation: Unité des Interactions Moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Nadège Cubito,

    Affiliation: Centre National de Référence des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon, France

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  • Philippe Desprès,

    Affiliation: Unité des Interactions Moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Frank Kunst,

    Affiliation: Unité de Génomique des Microorganismes Pathogènes and Centre National de la Recherche Scientifique URA 2171, Institut Pasteur, Paris, France

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  • Félix A Rey,

    Affiliations: Unité de Virologie Structurale, Institut Pasteur, Paris, France, Centre National de la Recherche Scientifique URA 1930, Paris, France

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  • Hervé Zeller,

    Affiliation: Centre National de Référence des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon, France

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  • Sylvain Brisse mail

    To whom correspondence should be addressed. E-mail: schuffenecker@cervi-lyon.inserm.fr (IS); E-mail: sbrisse@pasteur.fr (SB)

    Affiliation: Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8), Institut Pasteur, Paris, France

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  • Published: May 23, 2006
  • DOI: 10.1371/journal.pmed.0030263

About the Authors

Isabelle Schuffenecker, Séverine Murri, Stéphanie Michel, Nadège Cubito, Hervé Zeller
Centre National de Référence des Arbovirus, Institut Pasteur, Lyon, France
Isabelle Iteman, Rachel Lavenir, Laure Diancourt, Ghislaine Guigon, Sylvain Brisse
Plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (PF8), Institut Pasteur, Paris, France
Alain Michault
Laboratoire de Microbiologie, Hôpital St Pierre, St Pierre, Ile de la Réunion, France
Lionel Frangeul
Plate-forme Intégration et Analyse Génomique, Institut Pasteur, Paris, France
Marie-Christine Vaney, Stéphane Duquerroy, Félix A Rey
Unité de Virologie Structurale, Institut Pasteur, Paris, France
Marie-Christine Vaney, Stéphane Duquerroy
Centre National de la Recherche Scientifique/Institut National de la Recherche Agronomique UMR 2472/1157, Paris, France
Nathalie Pardigon, Marie-Pascale Frenkiel, Anne-Claire Bréhin, Philippe Desprès
Unité des Interactions Moléculaires Flavivirus-Hôtes, Institut Pasteur, Paris, France
Jean-Marc Reynes
Unité de Virologie, Institut Pasteur, Antananarivo, Madagascar
François Pettinelli
Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier de Mayotte, Mamoudzou, Mayotte, France
Leon Biscornet
Disease Surveillance and Sexually Transmitted Infections Unit, Seychelles Public Health Laboratory, Ministry of Health and Social Services, Victoria, Mahe, Seychelles
Stéphane Duquerroy
Université Paris, XI-Orsay, Paris, France
Frank Kunst
Unité de Génomique des Microorganismes Pathogènes and Centre National de la Recherche Scientifique URA 2171, Institut Pasteur, Paris, France
Félix A Rey
Centre National de la Recherche Scientifique URA 1930, Paris, France

Corresponding Authors

Competing Interests

The authors have declared that no competing interests exist.

Author Contributions

AM, JMR, FP, and LB sent biological samples for virus isolation and sequencing. SM, SM and NC isolated virus strains, performed RT-PCRs and viral RNA extractions from biological specimens and virus isolates and LF designed and synthesized the primers. II, RL, and LD performed RT-PCRs and sequence reactions. II, LF, GG, and SB assembled the genome sequence. IS, II, LF, MCV, SD, FAR, and SB analyzed sequence data. MPF, ACB, and PD contributed to the production of CHIKV stocks and performed immunofluorescence analysis and viral RNA extraction. NP, MPF, and PD performed focus immunoassays. IS, PD, FK, FAR, HZ, and SB wrote the manuscript.